Моральна залежність запорозької церкви визнавалася військом лише від київського Межигірського монастиря. Від самого початку свого історичного існування, тобто близько 1576 року, січова церква складала парафію Трехтемирівської київської єпархії монастиря; але потім, після спустошення цього монастиря в епоху польсько-козацьких війн, у тридцятих і шістдесятих роках XVII століття, вона стала вважатися залежною в духовному відношенні від київського Межигірського Спасо-Преображенського монастиря. Але, мабуть, зв’язок цей січової Церкви з Межигірським монастирем був у першому часі нетривалим; принаймні в другій половині XVII століття запорозькі козаки клопоталися про приписку своєї церкви до Києво-Межигірського монастиря. Так, від цього часу до нас дійшло два листи, кошового Івана Сірка й кошового Григорія Іваніки, з приводу знову встановлених стосунків між Межигірською обителлю й січовою церквою. Кошовий Іван Дмитрович Сірко 1676 року писав у Межигірську Спасо-Преображенську обитель листа, в якому просив ігумена монастиря прислати в Січ, на перший крилос, когось із монастирських уставщиків, тому що «світські панове дяки», з одного боку, не здатні до церковної справи, з іншого — не вміють цінувати «ласки військової» і спокійно мешкати в Січі; в той же час кошовий сповіщав, що військо запорозьке вирішило надсилати свій прибуток у ту обитель, у якій про нього молять милостивого Бога і при якій міститься шпиталь для недужих козаків, тобто обитель Межигірського Спаса. 1683 року кошовий Григорій Іваніка з суддею Меченком, писарем Константевичем, осавулом Цесарським, курінними Стягайлом і Олексієнком, отаманами Яковом і Павлом і всім товариством низовим визначеніше висловлювали своє ставлення до Межигірського монастиря; вони писали з цього приводу такого листа: «Оскільки нам, усьому війську запорозькому, били листовно чолом наші духовні отці, чесний пан отець Василій Васьківський, ігумен київський Межигірський, з усім собором і братією своєю, просячи утвердити листовною обіцянкою всього війська на потомні часи й літа, щоб тепер і на майбутній час надіслані священики з їхнього гуртожительного київського Межигірського монастиря, а не з іншої якої-небудь святої обителі, служби Божі в церкві святій нашій запорозькій Покрови Пресвятої Богородиці чинили і всі належні правила на спасіння війську справляли й духовними отцями товариству були, і щоб парафія наша запорозька завжди у їхньому володінні перебувала. І ми, все військо, протягом немалого часу бачачи, наскільки пристойне іноцьке і гуртожительне життя отців київських межигірських, визнаючи чин їхній монастирський похвальби достойним, вважаючи його до спасіння людей вжитковим, привітним і гостинним, маючи і в війську, і в церкві нашій служителів його немало і бачачи порядок у церкві св. Покрови постійний, відправу церковних служб за монастирським [чином] і всім тим утішаючись, ми, військо, після всього цього, одностайно і добре між собою порадившись, ту чолобитну вищесказаних отців прийняли і в скарбницю військову заховали, а на їхнє бажання згодилися, щоб церква запорозька св. Покрови і вся парафія наша завжди за ними лишалась на потомні часи, щоб при св. Покрові неодмінно священнодійствували особи з монастиря гуртожительного київського Межигірського і війську запорозькому богомольцями й духовними отцями були. При цьому ставимо своєю умовою, щоб монастир на те святе діло надіслав людей вдатних і статечних: двох священиків, диякона і уставщика. Викладену нашу військову згідну волю сим нашим військовим підписом і печаткою тепер і назавжди на потомні часи потверджуємо. На завершення бажаємо й просимо, щоб ніхто на вічні часи не порушив і не відмінив ні нашої волі військової, що слідувала за волею Божою, ні нашої постанови, щоб військове слово, зовсім не суперечне волі Божій, навпаки, славу Божу возвеличующе, було завжди поважне, статечне і, як скеля, непорушне».

       Тарас Григорович Шевченко “Межигірський монастир”

       Києво-Межигірський Спасо-Преображенський монастир користувався серед запорозьких козаків особливою увагою серед інших київських монастирів саме тому, що він був на становищі ставропігіального монастиря, тобто стояв у безпосередній залежності від патріаршого всія Росії престолу і був вилучений з відомства російського православного Синоду й місцевого митрополита, що цілком гармоніювало з прагненням запорожців зробити свою церкву незалежною від метрополії.  Не можна сказати, щоб прагнення запорозьких козаків зробити свою церкву парафією Межигірського монастиря скрізь зустрічало повне співчуття: інші монастирі й навіть саме вище духовне начальство в Києві зовсім не хотіли поступитися запорозькими церквами самій лише Межигірській обителі. Так, 1686 року київський митрополит Гедеон видав було веління підкорити всі церкви війська запорозького низового київській митрополичій кафедрі, виключивши будь-який стосунок братії Межигірського монастиря до запорозьких козаків. Тоді межигірський ігумен Феодосій Васьківський викликав свою братію із Запорожжя через посланого туди ченця Тарасія і в той же час через інших осіб, Іродіона, Філарета й Гавриїла, скаржився всеросійському патріархові за домагання київського митрополита на запорозьку паству. Дізнавшись про розпорядження митрополита Гедеона, запорожці написали листа ігуменові Межигірського монастиря Феодосію Васьківському, в якому, дивуючись немилості й неприхильності його до себе за відзив з Січі братії монастиря, в той же час доводили, що церква запорозька не підлягає владі київського митрополита і що вони, запорожці, битимуть чолом великим государям, святійшому патріархові і його милості гетьману Іванові [Мазепі], щоб вони виявили свою милість війську запорозькому й залишили церкву запорозьку на попередніх засадах; на завершення ж вони оголошували, що не буде церква божа запорозька відлучена від монастиря Межигірського гуртожительного, поки тектиме вода у Дніпрі й стоятиме військо запорозьке низове на землі. У Москві стали на бік запорозьких козаків і ігумена Феодосія, і грамотою, даною 1688 року, 5 березня, патріархом Іоакимом на ім’я ігумена Феодосія, церква запорозька знову була зроблена парафією Києво-Межигірського Спасо-Преображенського монастиря: «Церкву Божу в Січі запорозькій будучу, що мається в повній і справній патріаршій владі, доручити єдиному віданню Межигірського монастиря, з утвердженням древнього звичаю, щоб військо низове одержувало своє духовенство тільки з цієї обителі». Зв’язок запорозьких козаків з Києво-Межигірським Спасо-Преображенським монастирем припинявся лише на час від 1709 до 1734 року, коли вони перебували під протекцією кримського хана й турецького султана — «ходили по турках та по каулках»; у той час запорожці користувалися духовенством частково з Константинополя, частково з Афона, частково ж із православних міст Польщі; але з поверненням козаків під російську державу, 1734 року, зв’язок їхній з Межигірською обителлю не припинявся до самого падіння Січі.

       Кожен з козаків запорозького низового війська вважав за свій обов’язок у мирний час двічі побувати «у Межигірського Спаса»: запорозькі козаки робили великі грошові внески в цю обитель, постачали її коштовним начинням — чашами, хрестами, євангеліями, дарували якнайдорожчі вбрання, зводили власним коштом церкви й просторі будівлі як у самому монастирі, так і поза ним, на дачах його; зони посилали до монастиря цілі вози риби, солі, хутра, вина, відправляли братії в подарунок робочу худобу і чудових породистих коней, а багато хто з них і самі після бурхливого, сповненого всіляких військових пригод, життя закінчували свої дні у стінах цієї священної й заповітної для них обителі. Братія монастиря, «маючи велике поможеніє з Запорожжя», завжди пам’ятала благочинність запорозьких козаків і не інакше називала їх, як «титарями» й «фундаторами» Межигірської Спасо-Преображенської обителі.
       Навзамін зсіх благодіянь з боку запорозьких козаків Києво-Межигірський Спасо-Преображенський монастир постійно посилав з числа своєї братії в Запорожжя начальників для всього запорозького духовенства, настоятелів для Самарсько-Миколаївського монастиря, ієромонахів, священиків, дияконів, читців і співаків для січової і приходської церков, антиминси і святе миро для нових церков і доти неправославних християн, які поступали а лоно православної січової церкви.
       Для власне січової церкви Межигірський Спасо-Преображенський монастир щороку присилав, звичайно у вересні місяці, двох ієромонахів, одного диякона й одного чи двох уставщиків.
       Утримання січовому і взагалі всьому запорозькому духовенству давалося частково із військового жалування, що надсилалося щороку в Січ із російської столиці, частково від продажу церковних свічок, від зборів за перевози, від усіляких ловів, торговельних лавок, питних прибутків,— шоста бочка від вина й горілки, що привозилися на Січ, а найбільше від щедрих жертвувань, духовних заповітів і військової здобичі: у запорозьких козаків XVI, XVII і XVIII століть було у всезагальному звичаї перед смертю давати частину свого майна у церкву «на помин козацької душі»; так же само було у них у звичаї після повернення з військових походів ділити свою здобич на три частини й першу частину «від усякого меча й весла» віддавати в монастирі й церкви власного й чужого краю, як це співається в козацьких думах, що дійшли до нас:

Срібло, злото на три часті паювали:

Першу часть брали, на церкви покладали,

На святого Межигорського Спаса,

На Трехтемирівський монастир,

На святу січову Покрову давали,

Которі давнім козацьким скарбом будували,

Щоб за їх, вставаючи і лягаючи,

Милосердного Бога благали,

А другу часть поміж собою паювали,

А третю часть брали,

Очеретами сідали,

Пили та гуляли.

       Забезпечивши своє духовенство у матеріальному відношенні більш ніж досить, запорозький Кіш тим самим, однак, не виключав права у духовних осіб брати винагороду з мирян за звершення таїнств і вчинення різних треб, але обмежував лише одержання виплати раз назавжди встановленою нормою. За цією нормою за сорокоуст бралося 4 карбованці, за вінчання досить заможних — 1 карбованець, середньозаможних — 60 коп., малозабезпечених — 40 коп., за суботник — 50 коп., за похорони великі зі службою — 30 коп., за похорони малі без служби — 15 копійок, за поховання дітей — 5 копійок, за освячення хати — 30 копійок, за панахиду, поминальний обід, поминання у великий піст і читання акафіста — по 20 копійок, за молебен — 10 копійок, за хрещення — 5 копійок, за молитву над кухликами й за запис до метрики — по 5 копійок, за сповідь, молитву перед Різдвом, Пасхою і за освячення пасок — по 1 коп.
Відступи, які дозволяло собі з цього приводу запорозьке духовенство від постанов Коша, негайно припинялися в самому корені. Богослужіння у запорозьких козаків здійснювалося щодня «неодмінно» за монашеським чином східної православної церкви; церква, принаймні січова, завжди відзначалася благоліпністю, коштовною ризницею і дуже багатим церковним начинням, ліпшого від якого, за зауваженням очевидця, у всій тодішній Росії навряд чи можна було зустріти. І справді, царські врата в церкві останньої Січі були вилиті з чистого срібла, ікони горіли золотими шатами, а лики ікон писані були кращими візантійськими художниками, священицькі ризи куті найщирішим золотом, священні книги обкладені надзвичайно масивним сріблом з коштовними каменями.

       Під час богослужіння запорожці тримали себе найвищим чином статечно і благопристойно: щоб не порушувати тиші, зайшовши до церкви, вони розміщувалися відповідно до чинів, по різних місцях: прості козаки — рядами серед церкви; старшини, тобто кошовий отаман, суддя, писар, осавул і декілька поважних старих,— за особливими місцями, так званими бокунами або стасидіями, чудової різьбленої роботи, фарбованими яскраво-зеленою фарбою, що стояли з обох боків біля стіни, яка розділяла церкву на дві половини. При читанні Євангелія всі козаки приходили в рух, виструнювалися на повний зріст, бралися за ефеси шабель і виймали леза до половини з піхов, на знак готовності захищати збройно слово Боже від ворогів Христової віри; на єктеніях під час богослужіння поминалися по іменах — кошовий, суддя, писар і осавул.
       При богослужінні запорожці особливо любили пишність і врочистість, для чого утримували цілий хор півчих, як старшого віку, так і молодшого.

Дмитро Яворницький.  З “Історії запорозьких козаків”